在过去，身份未知的敌人・不明之敌突然出现。 而作为应对威胁的对策，「超进化铁道开发机构」通称「ERDA」开发了由新干线变形而成的机器人「进化先锋」。 「我要…成为能够守护什么的，帅气的人…」 身为中学二年级学生的大成大成，为了寻找两年前失踪的姐姐的线索，转学到进开学园中学。 就在这时，不明之敌经过十年时间后再一次出现。大成也机缘巧合下成为进化先锋的驾驶员。 被发现具有高适应値的他，被迫做出战斗的决定。 不明之敌的真实身份是什么？其目的又是为何？隐藏在战斗末端的真相又是什么？ 少年们的决意和成长的故事，现在开始了。